Tüp bebek gebeliği çiftin yaşamında büyük değişiklikler yaratan ve bu yüzden de doğal olarak üzerine fazlasıyla titrenilen bir gebeliktir. O yüzden zor elde edilmiş böyle bir gebeliğin kaybı normal gebeliğe göre çok büyük bir travmaya yol açmaktadır. Her şey çok olumlu gibi görünse de belirli aşamalarda olumsuzluklar yaşanabilir. Süreç içinde yaşanabilecek olumsuzluklar sırasıyla aşağıda sıralanmıştır. Bu olasılık yaklaşık %15-20 civarındadır.

• 1 - HCG değerlerinde düşüklük : Tedaviden 12 gün sonra kanda bakılan bir testtir. İlk bakıldığında 100 değeri üzerinde görünen ve 2 gün sonra 2 katına çıkan bir durumda bu gebeliği kaybetme riski daha az görülmektedir. Buna karşın HCG si 50 altında başlayan veya ilk değer 100 üzerinde olduğu halde sonraki kontrollerde 2 katına çıkma eğilimi göstermeyen hastalarda gebelik kesesinin gelişmeme ihtimali yükselmektedir. Bu duruma kimyasal gebelik denmektedir.
  
  
• 2 - Boş kese gelişimi : İlk kan testinden yaklaşık 20 gün sonra vajinal ultrasonla muayenede, gebelik kesesi içinde yaklaşık 6-7 mm boyundaki bebeği ve kalp hareketlerini gözlemlememiz gereklidir. % 10 hastada bu durumun aksi bir olumsuzlukla karşılaşabiliriz. Kese içerisinde bebek gözlenmez. Çoğu zaman embriyodaki genetik veya yapısal anormalliklerin bu tip kusurlu gelişime neden olduğuna inanılmaktadır.
  
  
• 3 - Kalp hareketinde kayıp : Gebelik tespitinden sonra yaklaşık 1 ay içinde bu olumsuzluk oluşabilir ve gebelikte beklenmedik bir durum olduğu için çiftleri en fazla sarsan durumlardan biridir. Sebep çoğu zaman bilinmese de embriyodaki genetik veya yapısal anormalliklerin yanında rahim içerisinde beslenmeyi azaltan yapısal sorunların da bu duruma yol açabileceğine inanılmaktadır.
  
  
• 4 - Gebelikte vajinal kanama : Çoğu zaman zararsız olan bu belirti düşüğü çağrıştırdığı ve düşük tehdidi olarak algılandığı için ne kadar ultrason bulgularında sağlıklı bir gebelik görülse de çiftleri çok fazla strese sokmaktadır. Böyle bir durumda yatak istirahatı ile beraber gebelik hormonu olan ve rahim üzerinde gevşetici etkisi olan progesteron içerikli ilaçları sıklıkla kullanmaktayız. Çoğu zaman kendiliğinden geçen kanama bazen birkaç hafta uzayarak devam edebilmektedir. Bu tip kanama durumlarında gebeliğin olumsuz sonlanmasına çok ender rastlanmaktadır.
  
  
• 5 - Kansızlık, şeker hastalığı, hipertansiyon, tiroit hastalıkları gibi gebelik sürecini etkileyen sistemik hastalıkların gebelikte taranması:
  Bu tarama testleri gebelik sırasında oluşabilecek olumsuzlukların giderilmesi açısından çok önemlidir. Gebelik takiplerinde her üç ayda bir, şüpheli durumlarda ise daha sık olmak üzere kan sayımı ve idrar testi yapılmalıdır. Bu testler idrar yolu enfeksiyonu, kansızlık, preeklampsi denilen gebelik hipertansiyonu gibi birçok olumsuzluğu ortaya çıkarabilir. 26. haftada ise 50 gr şeker yükleme testi ile gizli şeker taraması yapılmaktadır.
  
  
• 6 - Genetik ve yapısal anormalliklerin tespit edilmesi :
  Bunun için ultrason en büyük yardımcıdır. Aylık kontroller sırasında organ anormallikleri ultrason gözlemi sırasında ortaya çıkabilir. Ultrason kontrolünde en önemli hafta 20. haftadır. Çünkü organ gelişimi tamamlandığı  ve daha net bir görüş alınabildiği için bütün organlar bu haftada ayrıntılı incelenmelidir. Diğer bir yardımcı yöntem ise, kan testinde down sendromu gibi bazı genetik anormalliklere yönelik araştırmadır. Bunlar 12-13. haftalarda yapılan ikili ve 16-17. haftalarda yapılan üçlü veya dörtlü testlerdir. Bu testler tarama testi olduğu için ortalama  %60-70 hastalık yakalama gücü vardır. Bu nedenle  rutin olarak gebelik takiplerinde bu iki testten birini önermekteyiz. Risk artışı çıkan gebelerde ise amniyosentez ( anne karnından bebeğin su kesesinden iğneyle sıvı örneği alınması) önerilerek teşhis kesinleştirilmektedir.
  
  
• 7 - Erken doğumun önlenmesi :
  Bir gebe takibinde amaçlardan önceliklisi anne sağlığı ikincisi de bebeğin sağlıklı dünyaya gelmesini sağlamaktır. Ancak sağlıklı bebekler erken doğarak kaybedilebilir veya erken doğacak sağlıklı bebekte birtakım kalıcı sekeller gelişebilir. Bu sekellerin sebebi dış ortama yeterli donanımlara sahip olmadan doğuma bağlı kolaylıkla organlarda kalıcı hasarlar oluşmasıdır. Fark edilmeyen ve önlenemeyen bir erken doğum ailenin kaderini çok fazla etkileyebilir. Erken doğumun önlenmesinde en önemli yaklaşımlardan birincisi çoğul gebeliğin önlenmesidir. Gelecekte tıptaki gelişmelerin katkısıyla tüp bebek alanında yüzde yüz tutunacak embriyonun belirlenmesi ile tüp bebeklerde çoğul gebeliğin artık kaybolacağına inanıyoruz. Ancak bir tüp bebek tedavisinde birden fazla embriyo yerleştirmeye bağlı çoğul gebelikler halen baş ağrıtan güncel sorun olarak devam etmektedir.
  
  
  Çok önemli diğer bir yaklaşım da rahim boynu yetersizliğinin saptanmasıdır. Mutlaka her gebenin özellikle 20. haftasında vajinal ultrasonla rahim boynunun ölçümünü doktorunun yapması gereklidir. İkiz gebelikte bu ölçümleri her kontrole gidildiği zaman önermekteyiz. Normalde 4 cm olması gereken bu uzunluk 1.5-2 cm seviyelerine düştüğü zaman önemli ölçüde erken doğum riski doğmaktadır. Bu risk o bölgeye gebelik sırasında güçlendirici amaçlı serklaj dikişi ile önlenebilmektedir.
  
  
• 8 - Doğum tipinin seçilmesi :
  Normal doğum mu sezaryan mı sorusu diğer hastalarda olduğu gibi tüp bebek hastalarının da yaşadığı en büyük karasızlıktır. Doğum özellikleri açısından tüp bebek doğal gebeliğe göre aynı özelliklere sahiptir. Tek farkı bu gebeliğin zor ve zahmetli yollarla elde edilmiş olması ve kaybedildiği durumlarda da tekrar gebe kalma şansının olamayabileceğidir. Böyle bir durumda da aile haklı olarak hem zamanı belirsiz bir doğum bekleme stresinden kurtulmak hem de doğumdaki travmadan bebeğin daha az oranda etkilenmesi için sezaryeni tercih etmektedir. Ancak bu gebe kalma yönteminin getirdiği bir sonuç değildir. Tamamen gebelikle ilgili beklentilerin farklı olmasından kaynaklamaktadır. Çok sık uygulanan bir yaklaşım olmasına rağmen başka bir sebep olmadıkça sadece tüp bebek olduğundan dolayı sezaryen kararı doğru değildir.